Lima y Callao presentan la mayor diversidad genética por covid-19 y fueron el origen de la expansión de la epidemia hacia las regiones. Estas son las primeras conclusiones del estudio que ejecuta un equipo de investigadores de la Universidad Peruana Cayetano Heredia (UPCH), que busca establecer una red de procesamiento, secuenciamiento y análisis de genomas del SARS-CoV-2 para facilitar la toma de decisiones sobre el control de la pandemia.
Pablo Tsukayama, PhD e investigador del Laboratorio de Genómica Microbiana del Instituto de Medicina Tropical Alexander von Humboldt y de la Facultad de Ciencias y Filosofía de la UPCH, explicó que el
análisis del genoma del nuevo coronavirus que causa el covid-19 permite conocer su evolución local.
Durante el Simposio "Bioinformática aplicada a la investigación del covid-19", Tsukayama precisó que la investigación -cofinanciada por el Concytec- avanza y, al 2 de octubre, se han secuenciado
131 genomas del SARS-CoV-2 basados en análisis de muestras en el Perú.
"Nos complementamos bien con el Instituto Nacional de Salud (INS) en los muestreos. Vamos a hacer un seguimiento a largo plazo con las 200 muestras que recibiremos cada mes hasta enero del 2021", sostuvo. Se estima concluir la investigación en febrero o marzo del próximo año con 1,000 genomas identificados.
Hasta el momento, el estudio permite concluir que predomina la versión G614 del
SARS-CoV-2. Además, las variantes observadas en Lima aparecen días/semanas después en otras regiones.
Sin embargo, la mayor parte de las muestras analizadas proviene de Lima y, a la fecha, hay 11 regiones analizadas incluyendo Áncash, Arequipa, Junín, entre otros.
Apuesta por la descentralización
La investigación científica plantea un sistema descentralizado de vigilancia genómica. "Seguimos monitoreando lo que pasa en Lima, pero hay interés en las regiones", dijo. Por ello, se ha formado alianzas con universidades en Amazonas y Arequipa y se espera aprovechar la red de laboratorios del INS a escala nacional.
En ese sentido, el equipo participará en workshops sobre análisis bioinformáticos en noviembre y diciembre para apoyar la implementación de sus propias secuencias desde los laboratorios universitarios en ambas regiones.
También se conoce que hubo varios "pacientes cero" que generaron múltiples cadenas de transmisión local.
"Sabemos que el virus sigue mutando a un promedio de 2 mutaciones por mes. Podemos observar esto en los genomas de junio y agosto, que presentan la mayor cantidad de SNPs (mutaciones) con respecto al virus original en Wuhan", agregó.
En los próximos meses se continuará con el análisis de las cadenas de transmisión y rastreo de contactos ante una eventual segunda ola de casos de covid-19. Para ello el equipo busca financiamiento privado.
El investigador también considera que este estudio será relevante para la vigilancia de variantes de interés cuando se introduzcan vacunas o fármacos para enfrentar el brote, además que sienta las bases para el estudio de los patógenos que puedan aparecer en el futuro.
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(FIN) SPV
Publicado: 8/10/2020