El Programa Nacional de Animales Menores del INIA refirió que las estadísticas indican que el Perú cuenta con una población aproximada de 16 millones de cuyes. Sin embargo, existen zonas del país donde se crían estos animales y no han sido registrados, por lo que se estima que la población real ascendería a 22 millones de ejemplares.
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Las regiones donde se ha desarrollado más la crianza de cuyes es la sierra norte de las regiones Cajamarca, Lambayeque y La Libertad, seguida de la sierra centro (Junín, Pasco, Huánuco, Lima) y en menor medida en sierra sur (Arequipa, Apurímac, Cusco, Huancavelica, Ica, Moquegua, Tacna y Puno).
El Perú es el país que tiene la mayor población de cuyes en Sudamérica y es el que más apostó por investigar esta especie para otorgarle valor, pero existen zonas de crianza en las provincias andinas de Ecuador, de Colombia (departamento de Pasto) y de Bolivia (Cochabamba).
El reconocimiento de las bases genéticas expresadas en las razas de estos cuyes llevó a solicitudes de capacitación y transferencia de tecnología que provienen, por lo general, de entidades gubernamentales, como el Servicio Nacional de Aprendizaje (Sena), de Colombia.
El adelanto tecnológico y la experiencia desarrollada en el estudio del cuy constituyen la contribución del INIA, mediante el Proyecto Cuyes, que forma parte del Programa Nacional de Animales Menores, creado en febrero de 1964.
Las bases genéticas, es decir las razas, del cuy son reconocidas en otros países. A ello hay que añadir que la producción nacional de cuyes es muy tecnificada, por lo que países como Bolivia, Ecuador y Colombia buscan importar estos animales.
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