A su vez, brinda servicios ambientales a las comunidades indígenas asentadas en el río Putumayo y en el río Yahuas, pertenecientes a los grupos étnicos Quichua, Bora, Ticuna, Huitoto y Yagua, las mismas que con sus prácticas y costumbres tradicionales ancestrales aprovechan los recursos naturales de manera sostenible.
Yaguas se posiciona como una de las áreas protegidas que aún conserva y protege bosques tropicales intactos que regulan los ciclos hidrológicos de las dos cuencas antes mencionadas, brindando además servicios ambientales como el almacenamiento de dióxido de carbono como mecanismo viable para la mitigación del calentamiento global, que de manera directa o indirecta, van a beneficiar a las comunidades aledañas y al mundo entero.
Asimismo, debido a que abarca un amplio rango de hábitats acuáticos, que van desde los pequeños arroyos de cabeceras hasta las grandes cochas a lo largo de los majestuosos ríos principales, el Parque Nacional Yaguas también es reconocido por proteger la selva baja, región más diversa en especies de peces locales y migratorias de todo el Perú.
Corredor biológico
Por otro lado, una de las características más resaltables de Yaguas, es que gracias a su reconocimiento se ha creado un corredor biológico continuo de bosques que facilita el flujo genético en la cuenca del río Putumayo, desde el Parque Nacional Natural Río Puré, Parque Nacional Natural Cahuinari y Parque Nacional Natural Amacayacu en Colombia, y las Áreas de Conservación Regional Maijuna Kichwa y Ampiyacu Apayacu, en Perú.
Fauna y flora
El privilegio del Parque Nacional Yaguas también trasciende en el hecho de que todas sus comunidades de plantas y animales se encuentran en un estado excelente de conservación.
Esto hace posible que Yaguas sea un paraíso para la investigación científica, dado que en los últimos años se han ido descubriendo nuevas especies para ciencia, ocho tipos de peces de los géneros Ituglanis, Centromochlus, Mastiglanis, Batrochoglanis, Ancistrus, Ammocryptocharax, Characidium y Synbranchus; 3 de anfibios y 1 de aves en el género Herpsilochmus aún no descrita.
Además, protege y conserva especies bajo algún tipo de amenaza como el lobo de río, el oso hormiguero, el mono choro común, el caimán, la tortuga motelo, entre otras.
En cuanto a su flora, también se registran nueve especies nuevas para la ciencia de los géneros Aphelandra (Acanthaceae), Calathea (Marantaceae), Carpotroche (Achariaceae), Mayna (Achariaceae), Cyclanthus (Cyclanthaceae), Pausandra (Euphorbiaceae) y Palmorchis (Orchidaceae); además de poblaciones saludables de especies maderables importantes como tornillo, la marupá, la catahua, la pashaca, la lupuna, entre otros.
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