El Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas cuenta con comandos operacionales y especiales, encargados de las operaciones y acciones militares conjuntas de su responsabilidad.
En esa línea, el Comando Especial del VRAEM, entre otras misiones encomendadas, tiene como finalidad restaurar la seguridad y el orden interno en los Valles de los ríos Apurímac, Ene, Mantaro y Urubamba.
Para cumplir dicha misión cuenta con el apoyo de los diferentes componentes subordinados como son: el Componente Policial, Componente de Fuerzas Especiales, Componente Aéreo, Componente Terrestre y por último el Componente Naval del CE-VRAEM, que como parte del engranaje de las unidades de combate desplegadas en el área de responsabilidad, se encuentra comprometido con la pacificación y desarrollo Nacional-